Comment gérer sa comptabilité avec Shopify : tour d’horizon des solutions possibles

par Guillaume Beghin sur Sep 27, 2025
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    Shopify est un outil puissant pour développer ses ventes en ligne, gérer ses produits et ses clients. Mais lorsque l’on aborde la comptabilité, beaucoup d’e-commerçants s’interrogent : faut-il gérer ses factures dans Shopify, via un ERP, ou utiliser un logiciel, une application complémentaire ?
    La réponse dépend de votre organisation, de votre volume de commandes et du temps que vous souhaitez consacrer à l’administratif.

    L’export manuel des ventes Shopify

    La première solution consiste à exporter régulièrement les ventes Shopify au format CSV ou Excel pour les transmettre à son expert-comptable, selon les comptables cela sera plus ou moins simples et le traitement sera facturé différement. 

    • ✅ Simplicité et gratuité.

    • ❌ Risques d’erreurs, perte de temps, manque de suivi en temps réel.

    • 🎯 Convient aux petits volumes de commandes ou aux boutiques qui débutent.

    La gestion via un ERP connecté à Shopify

    Pour les PME déjà équipées, il est fréquent de connecter Shopify à un ERP (Sage, EBP, Cegid, etc.).
    Dans ce cas :

    • Shopify transmet les commandes à l’ERP.

    • L’ERP gère la facturation et centralise la comptabilité.

    • Les factures peuvent ensuite être renvoyées à Shopify pour mise à jour.

    👉 L’avantage : une gestion centralisée et robuste.
    👉 La limite : la mise en place peut être coûteuse et technique.

    ➡️ Pour en savoir plus, consultez notre page dédiée aux connecteurs ERP/CRM

    Utiliser une application connectée pour simplifier la gestion

    Une autre approche consiste à utiliser un logiciel spécialisé connecté à Shopify pour automatiser la facturation et le suivi financier.
    C’est la solution idéale pour les TPE/PME qui veulent gagner du temps sans déployer un ERP complet.

    Exemple concret : Facturii by Sinao

    Facturii by Sinao est une application conçue pour simplifier la comptabilité des e-commerçants Shopify. Elle permet de :

    • Émettre automatiquement des e-factures conformes.

    • Gérer les devis et relances clients.

    • Réaliser le rapprochement bancaire automatiquement.

    • Suivre la trésorerie et la rentabilité en temps réel grâce à des tableaux de bord intuitifs.

    ➡️ C’est une solution simple et rapide à mettre en place, parfaitement adaptée aux marchands Shopify qui cherchent à automatiser leur comptabilité sans complexité technique.

    Tableau comparatif des solutions de gestion comptable avec Shopify

    Solution Avantages principaux Limites Pour qui ? Coût estimé 💰
    Export manuel (CSV/Excel) Simple, aucune intégration Chronophage, erreurs fréquentes, pas de vision en temps réel Petites boutiques, faible volume € à €€€€
    Connexion à un ERP Gestion complète (commandes, stocks, factures, compta) Intégration à vérifier selon le logiciel, coût à mesurer, complexité technique. PME/ETI déjà structurées €€ à €€€€
    Application connectée (ex. Facturii by Sinao) E-factures automatiques, devis, rapprochement bancaire, suivi financier Abonnement à prévoir, solution complémentaire TPE/PME recherchant rapidité et simplicité € à €€

    Conclusion

    Il existe plusieurs manières de gérer sa comptabilité avec Shopify :

    • L’export manuel, pour les petites structures,

    • L’ERP connecté, pour les entreprises déjà organisées,

    • Les applications spécialisées comme Facturii by Sinao, pour une automatisation simple et efficace.

    👉 Chez Huggii nous vous aidons à connecter votre site e-commerce Shopify à vos outils de gestion (ERP, CRM, facturation) pour simplifier votre quotidien et sécuriser votre comptabilité.

    Guillaume Beghin

    Guillaume Beghin - CEO de huggii.com

    Guillaume BEGHIN, responsable de l’agence web Huggii, je vous accompagne dans vos projets de création de site e-commerce et portail de commande B2B !