Facturation électronique : que va changer la réforme pour les e-commerçants Shopify ?

par Guillaume Beghin le nov. 21 2025
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    La réforme de la facture électronique arrive, et tous les e-commerçants travaillant en B2B devront adapter leur processus de vente, de gestion et de facturation. Si vous vendez via Shopify, cette transition implique des mises à jour importantes concernant vos factures, vos données client et vos outils connectés.

    Dans cet article, nous expliquons concrètement ce qui change, comment Shopify se positionne face à la réforme, et quelles solutions adopter pour rester conforme (ERP, e-facture, Facture X, applications de facturation…).

    La réforme de la facture électronique : ce qu’il faut retenir

    L’État impose progressivement que toutes les factures B2B entre entreprises françaises soient :

    • émises,
    • transmises,
    • reçues,

    au format électronique structuré (Facture X, UBL, CII). Le PDF simple envoyé par email ne sera plus considéré comme une facture valide.

    Les objectifs de la réforme sont multiples :

    • lutter contre la fraude à la TVA,
    • automatiser les déclarations fiscales,
    • standardiser les échanges entre entreprises,
    • simplifier la gestion comptable au quotidien.

    La Facture X, hybride PDF + données XML, sera l’un des formats de référence en France, car elle est à la fois lisible par l’humain et exploitable automatiquement par les logiciels comptables.

    Shopify et facturation électronique : êtes-vous concerné ?

    Vous êtes concerné si vous vendez à des clients professionnels (B2B). Les boutiques Shopify B2B devront s’assurer que leurs factures respectent les nouvelles obligations légales, même si les ventes sont réalisées via un site e-commerce.

    En pratique, cela signifie :

    • disposer d’un système capable de générer une Facture X ou un format structuré équivalent,
    • transmettre les factures via une plateforme certifiée (PDP ou PPF),
    • standardiser et fiabiliser les données de facturation (TVA, identifiants clients, adresses…).

    Les ventes exclusivement B2C ne sont pas concernées par la réforme, mais de nombreux marchands combinent B2B et B2C sur un même site Shopify ou un portail de commande B2B/B2C.

    Ce qui change concrètement pour les e-commerçants Shopify

    1. Shopify n’est pas nativement compatible avec la e-facture

    Il est important de le préciser : Shopify ne génère pas de Facture X. Les factures PDF générées par Shopify ou via les modèles par défaut ne répondent pas, en l’état, aux exigences de la réforme de la facture électronique.

    Concrètement, cela implique :

    • la nécessité de passer par un ERP ou une application de facturation compatible,
    • l’intégration de Shopify dans une chaîne de facturation plus globale (commande → facturation → comptabilité),
    • une bonne cohérence entre les données présentes dans Shopify et celles de vos outils de gestion.

    D’où l’importance d’un connecteur ERP Shopify fiable, permettant de synchroniser les commandes et les clients avec vos outils de gestion (EBP, Sage, Sellsy, Kaeliips, Wavesoft…).

    2. La plupart des applications Shopify de facturation ne seront pas compatibles

    De nombreuses applications de facturation disponibles sur l’App Store Shopify se limitent à la génération de factures PDF classiques. Elles ne produisent pas de fichiers structurés (XML), ne sont pas connectées aux plateformes de dématérialisation partenaires (PDP) et ne gèrent pas toutes les contraintes spécifiques de la réglementation française.

    Résultat : la majorité de ces applications ne seront pas conformes à la réforme de la facture électronique.

    3. Facturii, une exception avec un tout-en-un facturation + comptabilité

    Certaines solutions font figure d’exception, comme Facturii. Cette application a vocation à être compatible avec la réforme française, en proposant un véritable système de facturation électronique connecté à Shopify.

    Ses principaux avantages :

    • génération de factures électroniques conformes (dont Facture X),
    • gestion comptable intégrée dans la même solution,
    • synchronisation automatique des commandes avec votre boutique Shopify,
    • une solution tout-en-un pour gérer facturation et comptabilité.

    Facturii se positionne comme une option intéressante pour les marchands qui ne souhaitent pas déployer un ERP complet, mais qui ont besoin d’une solution fiable pour la facture électronique et le suivi comptable.

    4. L’intégration ERP devient incontournable pour beaucoup d’entreprises

    Pour les e-commerçants avec un volume de commandes important, plusieurs canaux de vente ou des besoins B2B avancés (tarifs spécifiques, conditions de paiement, multi-entrepôts…), l’intégration d’un ERP reste la solution la plus robuste.

    Le schéma courant est le suivant :

    Shopify → ERP → Plateforme certifiée (PDP/PPF) → Client

    Un ERP compatible e-facture permet :

    • la génération automatique des Facture X,
    • l’envoi des factures via les plateformes adaptées,
    • la gestion fine de la TVA (par pays, par type de client, par produit),
    • le suivi comptable et la consolidation des données financières.

    Dans ce scénario, votre site Shopify reste le point d’entrée commercial (prise de commande B2B/B2C, portail de commande B2B, compte entreprise, listes de prix, etc.), mais la facturation et la comptabilité, la gestion commerciale, les stocks sont pilotées par l’ERP.

    5. La qualité des données clients devient un enjeu clé

    La facture électronique impose d’avoir des données clients propres, complètes et alignées entre tous vos outils.

    Points de vigilance :

    • SIRET et informations légales obligatoires pour les clients B2B,
    • adresses normalisées et cohérentes,
    • numéros de TVA intracommunautaire correctement renseignés,
    • distinction claire entre clients particuliers et professionnels,
    • conditions de paiement paramétrées selon chaque compte client.

    Un bon site e-commerce B2B ou portail de commande doit déjà intégrer ces notions de base : validation de comptes B2B, champs obligatoires spécifiques, et gestion des règles de prix et de TVA par type de client.

    Quels bénéfices pour les marchands Shopify B2B ?

    La réforme peut paraître contraignante, mais elle apporte aussi des bénéfices réels pour les entreprises qui vendent en ligne aux professionnels.

    • Automatisation accrue : moins de ressaisies, moins d’erreurs de montants, moins d’oubli de factures.
    • Comptabilité plus rapide : les données arrivent déjà structurées, directement exploitables.
    • Gestion B2B plus propre : meilleure qualité des données clients, cohérence des conditions commerciales.
    • Vision financière plus claire : vue consolidée des ventes, de la TVA et des encaissements.

    Quelles solutions choisir selon votre situation ?

    Cas 1 : Vous avez déjà un ERP connecté à Shopify

    Si vous disposez déjà d’un ERP connecté à votre boutique Shopify, vous avez une longueur d’avance. Votre ERP a vocation à devenir votre outil de génération de factures électroniques.

    Les points à vérifier :

    • compatibilité de l’ERP avec la réforme de la facture électronique,
    • bonne synchronisation des commandes, clients et produits entre Shopify et l’ERP,
    • qualité des données de facturation (TVA, SIRET, adresses, modes de paiement).

    Cas 2 : Vous n’avez pas d’ERP

    Si vous ne souhaitez pas mettre en place un ERP complet, vous pouvez vous orienter vers une application spécialisée comme Facturii, qui propose un système de facturation électronique relié à Shopify avec une gestion comptable intégrée.

    Deux grandes approches sont possibles :

    • Solution A : utiliser Facturii
      Idéal pour les structures petites ou moyennes qui veulent un outil simple, sans déployer tout un ERP tout en restant conformes à la réforme.
    • Solution B : déployer un ERP + connecteur Shopify
      Plus adapté si vous avez des besoins avancés : gestion de la fabrication produit, gestion de stock multi-entrepôts, etc.

    FAQ — Facture électronique & Shopify

    Shopify va-t-il générer des factures électroniques ?

    Non. Shopify ne génère pas de Facture X ni de fichiers structurés. Il faut passer par un ERP compatible, une application comme Facturii ou une plateforme de dématérialisation.

    Est-ce que toutes les apps Shopify de facturation seront compatibles ?

    Non. La plupart des applications actuelles génèrent uniquement des PDFs classiques. Seules quelques solutions spécifiques comme Facturii prévoient une compatibilité complète avec la réforme.

    La réforme concerne-t-elle les ventes B2C ?

    Non. La réforme de la facture électronique vise exclusivement les échanges B2B entre entreprises établies en France.

    Dois-je changer mon mode de facturation ?

    Si votre système actuel ne génère pas de factures électroniques structurées (Facture X, UBL…) ni ne se connecte à une PDP, il faudra faire évoluer votre organisation (ERP, Facturii, autre solution compatible).

    Comment ma facture électronique sera-t-elle transmise au client ?

    Elle sera envoyée via votre ERP, une solution comme Facturii ou une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP), selon l’architecture retenue par votre entreprise.

    Checklist : êtes-vous prêt pour la facture électronique ?

    • Vous savez si votre activité B2B est concernée par la réforme.
    • Vous avez identifié votre futur outil de facturation (ERP, Facturii, plateforme PDP…).
    • Vos données clients (SIRET, TVA, adresses) sont complètes et à jour.
    • Votre boutique Shopify est correctement connectée à vos outils de gestion.
    • Vos flux de commande sont standardisés et testés jusqu’à la facturation.
    • Vous avez anticipé la génération de Facture X et la transmission via une plateforme certifiée.
    Guillaume Beghin

    Guillaume Beghin - CEO de huggii.com

    Guillaume BEGHIN, responsable de l’agence web Huggii, je vous accompagne dans vos projets de création de site e-commerce et portail de commande B2B !